Coming soon
Picto Gestion des outils de recherche

Thèse Cifre

Pour nous accompagner dans ce projet, nous recherchons un jeune diplômé en master dans le domaine biologie santé et/ou en bio-informatique avec une spécialisation en data science dans le cadre d’un doctorat.

14/11/2022

  • Description de la Thèse Cifre Contexte

    Le cadre de ce projet vise à optimiser le processus de découverte de nouveaux médicaments grâce à l’intelligence artificielle : en accélérant et ciblant au mieux les tests sans cible thérapeutique définie, en facilitant la découverte d’interactions et en intégrant, à terme, un dérisquage des essais précliniques avant leur lancement.

    Pour ce faire, nous avons mis en place une équipe de recherche en data science, avec pour objectifs la formalisation des processus scientifiques, la récupération de données (objets, interactions, médicaments, expertise scientifique…), et la mise en place de modèles de machine learning. Cette équipe sera accompagnée, en interface avec le laboratoire BTSB, par le doctorant choisi pour cette thèse CIFRE.

    Nous cherchons à développer une connaissance profonde des processus bio-chimiques et physiques afin de déterminer les interactions entre les peptides et les protéines et prédire leur potentiel thérapeutique. Nous souhaitons mettre en évidence lors de cette thèse des connaissances et modèles transférables à plusieurs entités médicaments (molécules, macro-molécules, peptides, protéines…) et plusieurs aires thérapeutiques (oncologie, neurologie, maladies rares…) en nous basant sur des axes de recherches précis, tout en formalisant des processus globaux.

    Le sujet d’étude, les venins animaux, sont des cocktails chimiques complexes constitués en partie de peptides (toxines) dont la fonction est de tuer et/ou paralyser des proies, le plus souvent, en modulant des récepteurs et des canaux ioniques.

    Les fourmis appartiennent à l’un des groupes d’organismes venimeux les plus abondants et diversifiés avec plus de 16 000 espèces actuellement décrites. Leurs venins ont déjà montré de nombreuses activités biologiques dont des activités antimicrobiennes, hémolytiques, cytolytiques, paralytiques, insecticides et anti ou pro-douleur. L’équipe BTSB s’intéresse aux venins de fourmi dont la composition est essentiellement de nature peptidique.

    La caractérisation structurale et fonctionnelle de certains de ces peptides a amené l’équipe BTSB à se poser la question de l’origine évolutive de ces derniers et en particulier du lien existant entre la fonction venimeuse et la fonction immunitaire chez ces insectes sociaux.

     

  • Ton Profil

    La liste des compétences ci-dessous détaille les attendus et les atouts pour la thèse.

    Vous serez sélectionné sur la base de ses compétences actuelles et sur sa volonté à apprendre les compétences complémentaires au fil de son doctorat.

    Formation

    • Vous êtes titulaire d’un master dans le domaine biologie santé et/ou en bio-informatique avec une spécialisation en data science
    • Solide formation dans les thématiques de biologie cellulaire, de biochimie et biologie moléculaire
    • Vous disposez d’une formation et/ou d’une appétence forte pour monter en compétences sur le domaine de la data science (statistiques, traitement de données, machine learning, deep learning)

     

    Les connaissances et compétences privilégiées

    • Connaissances théoriques concernant la biologie cellulaires, les signalisations cellulaires et les protéines membranaires (canaux ioniques et RCPG)
    • Connaissances théoriques et pratiques concernant les techniques de normalisation et standardisation de données, de tests statistiques et de réduction de dimensions

     

    Les connaissances et compétences appréciées, ou que vous souhaitez développer

    • Connaissances théoriques concernant les modèles de machine learning (systèmes prédictifs et de classification) et de deep learning (réseaux de neurones, traitement du langage naturel, réseaux de graphes…)
    • Une expérience pratique de culture cellulaire et des techniques d’étude des processus cancéreux constitue un atout
    • Connaissances théoriques concernant les méthodes de “in silico drug discovery(biostatistiques et l’analyse de données (« QSAR »), la programmation, la chemo-informatique, la bio-informatique structurale, la modélisation et dynamique moléculaire, les méthodes d’amarrage moléculaire (docking) et le criblage virtuel

     

    Votre méthode de réflexion

    • Capacité avérée d’abstraction, prise de recul et remise en question des status quo, vos questions favorites sont “Pourquoi ?” et “Comment?”
    • Capacité avérée à effectuer plusieurs tâches à la fois afin d’organiser, de coordonner et d’interpréter plusieurs études dans le cadre de différents projets ; Vous êtes capable de hiérarchiser efficacement les tâches et de réagir à des situations changeantes, tout en gardant un grand souci du détail et en suivant plusieurs études simultanément
    • Proactivité dans la résolution de problèmes, capable de proposer des solutions innovantes pour améliorer les flux de travail et la disponibilité des données
  • Les Acteurs

    Glanum

    Agence hybride évoluant dans le domaine des TIC, composée de 100 collaborateurs, Glanum propose un savoir-faire spécialisé en applications digitales, savant mélange de technologie, de stratégie et de créativité. Glanum est constituée de 6 pôles d’excellence indépendants mais tout autant interconnectés, data science, applications, création, web, marketing et gamification. Particulièrement tournée vers l’international, l’agence favorise les compétences et intérêts multiculturels, puisant sa force dans la diversité sectorielle et géographique de ses clients et collaborateurs.

    Accompagnant des starts-up et entrepreneurs ainsi que des grands groupes, nos activités diversifiées nous permettent de répondre à des problématiques d’envergures à tous les stades de développement.
    La diversification de nos activités nous permet aujourd’hui de travailler sur des projets d’innovations et de R&D, à travers notre cellule d’innovation et d’entités spécifiques.

     

    Glanum Lifescience

    Glanum Lifescience est une suite de produits innovants qui a pour vocation d’accélérer la recherche en fédérant acteurs publics et privés autour d’initiatives durables. Nous participons à la résolution des défis sanitaires, environnementaux et sociaux d’aujourd’hui et de demain, avec pour champ de recherche : le vivant.

    Nos champs d’actions concernent les domaines de la pharma, de la santé et des biotechnologies, en appliquant notre domaine d’expertise : la data science.

     

    L’université

    L’INU Champollion est un EPSCP dont le siège est situé à Albi et qui exerce ses missions d’enseignement supérieur et de recherche sur trois campus : Albi, Castres et Rodez. En articulation avec l’Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées (UFTMiP), dont il est membre associé renforcé, l’INU Champollion développe une offre de formation pluridisciplinaire qui se décline en 16 mentions de licence, 10 licences professionnelles, 7 masters et 1 formation d’ingénieurs.

    L’INU Champollion comprend 6 départements représentatifs de la pluridisciplinarité de l’établissement, dont un département d’ingénierie ISIS, et des structures de recherche organisées en équipes d’accueil et en groupes pluridisciplinaires composés d’enseignants – chercheurs rattachés à des unités de recherche des universités toulousain.

     

    Le laboratoire

    EA BTSB 7417 – BIOCHIMIE ET TOXICOLOGIE DES SUBSTANCES BIOACTIVES

    L’équipe est composée de six enseignants chercheurs (EC), d’un enseignant (PRAG-Dr), d’un ingénieur d’étude et de deux techniciens.  L’équipe effectue des recherches interdisciplinaires sur des espèces terrestres (fourmis, mouches) et aquatiques (escargots et planaires). Les compétences de l’équipe couvrent la biochimie, la biologie moléculaire et cellulaire, l’écotoxicologie, la physiologie et le comportement : cette grande diversité représente ainsi un véritable atout pour mener des projets interdisciplinaires.

     

    • Les compétences de l’équipe sont utilisées à la fois pour rechercher, caractériser et étudier de nouvelles substances bioactives, majoritairement des peptides issus de venins de fourmis, valorisables dans les domaines de la médecine humaine, vétérinaire ou en agronomie, mais aussi pour identifier, et limiter les effets indésirables des substances bioactives (naturelles ou de synthèse) sur les organismes et l’environnement.

     

    • Les substances bioactives étudiées par l’équipe concernent différents composés tels que des antimicrobiens, des neuromodulateurs, des immunomodulateurs…
  • Votre Mission

    Thèse à trois niveaux

    Recherche fondamentale

    • Théoriser l’identification et la sélection de cibles potentielles
    • Théoriser l’interaction de peptides avec des cibles biologiques
    • Prédire le changement de comportement biologique
    • Validation de biomarqueurs prédis

     

    Recherche appliquée (Biologie)

    • Comprendre, analyser et formaliser les expertises métiers
    • Découvrir des cibles thérapeutiques pour des peptides connus
    • Etudier l’impact des peptides de venins de fourmis sur des cibles définis

     

    Activité de développement expérimental (Data Science)

    • Ingestion de données
    • Traitements de données
    • Architecture
    • Modélisation
    • Évaluation & optimisation de modèles

     

    Les objectifs/livrables

    • Formaliser scientifiquement le processus de passage d’un objet biologique à un candidat (screening de target, définition des processus bio-chimiques…)
    • Schématiser la modélisation de données, le pré-process et le post-process du processus
    • Créer et traiter la base de données sélectionnées
    • Documenter les expériences et leurs résultats
    • Suivre & évaluer les tests en laboratoire les résultats et identifier les biomarqueurs

     

    Les différentes missions

    • Vous théoriserez les éléments scientifiques et conceptualiserez les architectures informatiques
    • Vous rédigerez des propositions, développerez des méthodes scientifiques et piloterez des projets de recherche appliquée sur la base de vos propres idées & observations
    • Vous mènerez des recherches scientifiques appliquant des stratégies de biologie computationnelle informées par l’apprentissage automatique à des sujets de découvertes de cibles biologiques
    • Collaborer avec d’autres membres de la R&D de Glanum et avec les équipes de chercheurs du laboratoire BTSB aux profils variés (microbiologistes, biologistes, bio-informaticiens, data scientists…)
    • Développerez et mettrez en œuvre des algorithmes complexes pour l’analyse des données et la prédiction des résultats
    • Rédiger des articles scientifiques et des rapports de projet
    • Participer à la R&D interne de Glanum Lifescience, en développant des modèles théoriques & pratiques à l’état de l’art
  • mosaique beige

    • Prérequis
      Master
    • Compétences
      • Travail en équipe
      • Adaptation aux process internes
      • Polyvalence dans les sujets et technologies
      • Rigueur et méthodologie
      • Capacités rédactionnelles
    • Lieu de travail
      Avignon (84) France
    • Disponibilité
      ASAP
    • Type de contrat
      Contrat Doctoral
    • Contact
      Responsable entreprise :
      regis@glanum.comResponsable laboratoire : michel.treilhou@univ-jfc.fr
  • Démarche

    • Toutes les sollicitations ressources humaines et fournisseur auprès de l’agence se font à travers ce formulaire à votre disposition.
    • Il est important que vous apportiez toute l’attention nécessaire à votre lettre de motivation. Elle est déterminante dans la démarche.
    • Nous ne pouvons malheureusement pas répondre à toutes les sollicitations que nous recevons. Si votre proposition retient notre attention, nous conviendrons d’un entretien par téléphone ou sur place.
  • Note

    Nous vous remercions de bien vouloir ne remettre aucune sollicitation par e-mail, téléphone ou courrier. Elle ne saurait être prise en charge.